由于Unix商标属于X/Open组织，而Unix FreeBSD只是一个自由操作系统，从法律角度上看Free BSD不能被叫Unix（不能使用Unix做商标）。但是基于Unix本身的历史，Unix FreeBSD可以算最原汁原味的Unix，在有的方面，它更具传统特色──或者说BSD Unix的学院特色。
当前，Unix商标其实是只具有象征性的含义，没有人介意到底那些系统是X/Open的成员，可以被称作Unix，那些不是。Unix已经成为一个广泛的概念，只要是按照Unix为模板进行开发，所有的应用程序在C源程序级与其他Unix相互兼容，也同样被所有使用者承认为 Unix系统。
因此这里的Unix包括BSD和System V在内的各种系统，也包括像Linux这样的兼容系统。
由于FreeBSD十分关心系统的性能和稳定性，同时Unix FreeBSD的开发又非常活跃并十分开放。因此在系统开发中支持几个版本的Unix FreeBSD系统并行发展，一些版本用于提供一个最具稳定性的操作系统，另一些版本逐渐融合进各种新特性，使FreeBSD不断发展。当前主要使用的FreeBSD有三个分支版本：
FreeBSD2.2.x-stable：这个分支是当前Internet上大部分网络服务器上使用的FreeBSD版本，经过无数实践验证，具有高稳定性的特点。但是由于3.0版本已经正式发布，Unix FreeBSD的开发者已经于1999年1月决定停止对这个版本的开发，这个FreeBSD的分支版本进入维护状态，将仅仅进行修补一些可能存在的系统漏洞等工作。
因此除非是现存的Unix FreeBSD系统，或者为了特殊目的要使用一些基于2.2.x开发的特殊软件，新安装的Unix FreeBSD系统应该使用FreeBSD-3.x版本。这个系列中最后一个正式发布的光盘版本为F reeBSD 2.2.8-release。
FreeBSD3.x-stable：这个版本的第一个正式版本3.0-release，它于1998年10月正式发布，随后就成为了稳定版本。它与2.2相比增加了对很多新硬件的支持，并进一步提高了性能。对于安装新的Unix FreeBSD系统来讲，应该选用这个版本。当前已经发布了FreeBSD 3.2-release。
FreeBSD4.0-current：于1999年1月产生，同时FreeBSD 3.x-cur rent分支转变为FreeBSD 3.x-stable分支。当前还没有任何正式发布版本，需要通过Internet获得源代码进行安装。
可以看到，Unix FreeBSD的版本使用current或stable后缀进行修饰，其中使用stable修饰的版本是一个稳定的版本，它不是Unix FreeBSD的最新版本，主要关心系统的性能和使用的连续性，同一个stable分支中的下一个版本主要是修订系统问题，因此stable分支得到很多商业用户的欢迎。
current表示这个版本是正在开发的版本，还不成熟，它更关心新特性，每种可能的特性都被开发者尝试加入进Unix FreeBSD中，但并不保证以后的正式发布版本会支持所有的特性，一些特性会因为不成熟或对大部分用户无益，即使曾经加入也可能从正式版本中去除。
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